การรถไฟแห่งประเทศไทย (รฟท.) แจ้งว่า จากกรณีที่มีการแสดงความคิดเห็นเกี่ยวกับการก่อสร้างโครงการรถไฟความเร็วสูงเชื่อมสามสนามบิน โดยระบุว่าภาครัฐเสียเปรียบเอกชนคู่สัญญาในหลายประเด็นนั้น รฟท. และ สำนักงานคณะกรรมการนโยบายเขตพัฒนาพิเศษภาคตะวันออก(สกพอ.) ขอชี้แจงว่า ในประเด็นการโอน และชำระค่าบริหารรถไฟฟ้า แอร์พอร์ต เรล ลิงก์ (ARL) ยืนยันว่า ปัจจุบันรายได้จากค่าโดยสารยังเป็นของ รฟท. และเอกชนคู่สัญญาจะทยอยชำระค่าสิทธิให้รัฐไม่น้อยกว่า 1,067 ล้านบาทต่อปี เมื่อมาตรการควบคุมการแพร่ระบาดของโรคโควิด-19 และผลกระทบต่อการดำเนินงานของเอกชนคู่สัญญาสิ้นสุดลง รฟท. จะได้รับชำระเงินค่าสิทธิ ARL ทั้งหมด พร้อมดอกเบี้ยและค่าธรรมเนียม ซึ่งการแก้ไขปัญหาดังกล่าว จะส่งผลดีต่อผู้โดยสารที่ใช้บริการ ARL ได้อย่างต่อเนื่อง และ รฟท. ไม่ต้องแบกภาระการขาดทุนของ ARL ทั้งยังได้รับค่าสิทธิ ARL ครบจำนวนอีกด้วย
การแพร่ระบาดของไวรัสโควิด ที่ส่งผลกระทบเป็นวงกว้าง และรุนแรง ถือเป็นเหตุสุดวิสัยที่เกิดขึ้นภายหลังการลงนามสัญญาโครงการฯ ส่งผลให้รัฐต้องออกมาตรการควบคุมการแพร่ระบาด ทำให้ผู้โดยสารที่มาใช้บริการ ARL ลดลง จากเดิม 8 หมื่นคนต่อวัน เหลือประมาณ 3 หมื่นคนต่อวัน ส่งผลให้เกิดการขาดทุนค่าดำเนินการประมาณ 68 ล้านบาทต่อเดือน และยังคงไม่มีแนวโน้มว่าผู้โดยสารจะกลับมาใช้บริการเช่นเดิม จากสถานการณ์ดังกล่าว ส่งผลให้สถาบันการเงินไม่สามารถให้เงินทุนกว่า 10,000 ล้านบาท แก่เอกชนคู่สัญญาเพื่อชำระค่าสิทธิให้ รฟท.ได้ ซึ่งส่งผลกระทบต่อการให้บริการประชาชน ดังนั้นเพื่อไม่ให้บริการของ ARL สะดุด หรือหยุดลง รฟท. และเอกชนคู่สัญญาตกลงกันให้เอกชนคู่สัญญาสนับสนุนการเดินรถ ARL เท่านั้น ไม่ได้ให้สิทธิบริหารจัดการ และไม่ได้เป็นการส่งมอบ ARL ให้เอกชนคู่สัญญาแต่อย่างใด
ส่วนประเด็นการแก้ไขปัญหาทับซ้อนกับโครงการรถไฟความเร็วสูง (ไฮสปีด) ไทย-จีน ช่วงบางซื่อ-ดอนเมือง นั้น ขณะนี้ รฟท.ได้เจรจาให้เอกชนคู่สัญญา เริ่มก่อสร้างรถไฟไฮสปีด ช่วงบางซื่อ-ดอนเมือง ก่อนกำหนดในสัญญา นอกจากนี้ยังเพิ่มงานก่อสร้างทางวิ่งรถไฟไทย-จีน เพิ่มความเร็วการเดินรถไฟ และเปลี่ยนมาตรฐานการออกแบบ และก่อสร้างจากยุโรปเป็นจีน ส่งผลให้เอกชนคู่สัญญามีงาน และค่าก่อสร้างเพิ่มจากสัญญาเดิม 9,207 ล้านบาท ซึ่งเอกชนต้องเป็นผู้รับผิดชอบค่าก่อสร้างดังกล่าว โดยรัฐไม่ต้องเสียงบประมาณในส่วนนี้
ด้วยเหตุนี้ รฟท.จึงชดเชยงาน และค่าก่อสร้างที่เพิ่มขึ้นของเอกชนคู่สัญญา ด้วยการปรับวิธีชำระเงินที่รัฐร่วมลงทุน จากเดิมที่รัฐเริ่มชำระหลังงานก่อสร้างทั้งโครงการแล้วเสร็จ เป็นทยอยชำระระหว่างการก่อสร้าง และให้เอกชนคู่สัญญาวางหลักประกันสัญญาเพิ่ม ซึ่งการดำเนินงานดังกล่าวทำให้ความเสี่ยงการกู้เงินของเอกชนคู่สัญญาลดลง ส่งผลให้เอกชนคู่สัญญาประหยัดค่าดอกเบี้ยลง โดยจะถูกส่งคืนกลับสู่รัฐทั้งหมด ทำให้รัฐประหยัดงบประมาณไม่น้อยกว่า 1.7 หมื่นล้านบาท จากการชำระเงินร่วมลงทุนที่น้อยลง และไม่ต้องจ่ายค่างานก่อสร้างส่วนที่เพิ่มขึ้นมา 9,207 ล้านบาท ที่สำคัญการแก้ปัญหาทับซ้อนช่วงบางซื่อ-ดอนเมือง จะช่วยให้ทั้ง 2 โครงการสามารถเดินหน้าก่อสร้าง และเปิดให้บริการได้ตามกำหนด ประชาชนได้ประโยชน์จากบริการสาธารณะ และช่วยให้รัฐบริหารงบประมาณได้อย่างเต็มประสิทธิภาพ
นอกจากนี้ รฟท. ยังได้ทำหนังสือถึงสำนักงานอัยการสูงสุด และสำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีกา เพื่อหารือถึงประเด็นต่างๆ ที่ได้มีการเจรจากับคู่สัญญาว่าเป็นไปตามเงื่อนไขสัญญา และถูกต้องตามระเบียบข้อกฎหมายหรือไม่อีกด้วย เพื่อให้เกิดความละเอียดรอบคอบ รัดกุม อย่างไรก็ตาม รฟท. ยืนยันว่า การดำเนินการต่างๆ นี้ เป็นไปเพื่อประโยชน์สูงสุดต่อประชาชนโดยรวม และ รฟท. มิได้เพิกเฉยต่อการบริหารงบประมาณ หรือข้อตกลงต่างๆ ที่ต้องเจรจากับเอกชนคู่สัญญา และพยายามดำเนินการในกระบวนการต่างๆ อย่างรอบคอบ โปร่งใส ตรวจสอบได้ ด้าน สกพอ. ที่ผ่านมาก็พยายามกำกับดูแลให้โครงการสามารถขับเคลื่อนได้โดยเร็ว และเกิดประโยชน์สูงสุดต่อประชาชน และประเทศชาติ.