โรครากเน่าโคนเน่าของทุเรียนเป็นปัญหาที่สำคัญของเกษตรกร เนื่องจากเป็นโรคที่ร้ายแรงที่สุดในต้นทุเรียน สามารถเข้าทำลายได้ทุกส่วนของต้นทุเรียน ทำให้ต้นทุเรียนที่เป็นโรคนี้เสียหายอย่างรวดเร็วและไม่สามารถเจริญเติบโตได้ตามปกติ ส่งผลให้ทุเรียนยืนต้นตาย ปริมาณและคุณภาพผลผลิตลดลง โดยเฉพาะการผลิตเพื่อการส่งออก ซึ่งการควบคุมโรคนี้ ต้องทำความเข้าใจในหลักการควบคุมโรคอย่างถูกวิธี
การป้องกันกำจัดโรครากเน่าโคนเน่าทุเรียนด้วยวิธีผสมผสานที่นำมาปรับใช้ในพื้นที่ปลูกทุเรียนในภาคตะวันออก ประกอบด้วย การวิเคราะห์พื้นที่ ดูการเขตกรรม ตัดแต่งทรงพุ่มไม่ให้แน่นทึบ แดดส่องลงถึงพื้นดินเพื่อฆ่าเชื้อโรค ขุดร่องระบายน้ำไม่ให้ท่วมขังโคนต้น เก็บดินวิเคราะห์ธาตุอาหารเพื่อส่งเสริมให้พืชแข็งแรง กรณีดินเป็นกรดแนะนำปรับด้วยปูนขาว ฟื้นฟูระบบรากกรณีรากเน่าและเน่าคอดินโดยการราดด้วยสารฟอสอีทิล-อะลูมิเนียม ภายหลังการราดสารไม่น้อยกว่า 7 วัน นำเชื้อราไตรโคเดอร์มาชนิดเชื้อสด อัตรา 100 กรัม ต่อน้ำ 20 ลิตร กรดฮิวมิค 100 มิลลิลิตรต่อน้ำ 20 ลิตร และปุ๋ยเกล็ดสูตร 15-30-15 หรือ 20-20-20 อัตรา 50 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร ราดให้ทั่วบริเวณรอบทรงพุ่มทุก 2 เดือน รักษาแผลที่โคนต้นต่อเนื่อง
สำหรับต้นที่โทรม กระตุ้นภูมิคุ้มกันด้วยสารฟอสฟอรัส แอซิด และสำรวจโรคต่อเนื่อง เพื่อรักษาได้ทันโรคไม่แพร่กระจายลุกลาม เพิ่มปริมาณจุลินทรีย์ที่มีประโยชน์ในดิน เพื่อลดปริมาณเชื้อราไฟทอปธอร่า ปรับสภาพแวดล้อมให้ต้นทุเรียนแข็งแรง ซึ่งการวิเคราะห์พื้นที่และปรับสภาพแวดล้อมไม่ให้เหมาะต่อการเกิดโรครากเน่าโคนเน่าเป็นปัจจัยความสำเร็จในการนำเทคโนโลยีไปประยุกต์ใช้ควบคุมโรค ทั้งนี้ การป้องกันการเกิดโรคเป็นแนวทางการควบคุมโรครากเน่าโคนเน่าที่ดีที่สุด
