เมื่อวันที่ 5 ต.ค. นายศักดิ์สยาม ชิดชอบ รมว.คมนาคม เปิดเผยว่า ได้สั่งการให้ทุกหน่วยงานในสังกัดกระทรวงคมนาคม เตรียมความพร้อมรับมือน้ำหลาก และดินถล่ม ใน 4 จังหวัด ได้แก่ เพชรบุรี ประจวบคีรีขันธ์ ชุมพร และระนอง ในช่วงวันที่ 6-10 ต.ค.64 ตามที่กรมป้องกันและบรรเทาสาธารณภัย (ปภ.) กระทรวงมหาดไทย ได้ประกาศแจ้งเตือน โดยให้ดำเนินการตามแผนป้องกันสาธารณภัย ทั้งเตรียมความพร้อมการป้องกัน การฟื้นฟู และการเยียวยาในทุกมิติ ตลอด 24 ชั่วโมง รวมทั้งให้รายงานผลการดำเนินงานให้กระทรวงคมนาคม รับทราบทุกวันด้วย
ด้านฝ่ายประชาสัมพันธ์ กระทรวงคมนาคม แจ้งว่า ศูนย์ Command Center ภัยพิบัติกระทรวงคมนาคม ได้สรุปรายงานอุทกภัยในเส้นทางคมนาคม วันที่ 5 ต.ค.64 พบว่า มีโครงข่ายคมนาคมได้รับผลกระทบ รวม 91 เส้นทาง จำนวน 115 แห่ง สามารถสัญจรผ่านได้ 61 แห่ง สัญจรผ่านไม่ได้ 54 แห่ง แบ่งเป็นทางถนน (ทางหลวง-ทางหลวงชนบท-บริษัท ขนส่ง จำกัด) 51 แห่ง และทางราง (รถไฟ) 3 แห่ง โดยมีจังหวัดที่ได้รับผลกระทบจากเหตุอุทกภัย ทั้งหมด 17 จังหวัด ซึ่งจังหวัดที่ได้รับผลกระทบมากที่สุด 5 อันดับแรก ได้แก่ 1.อ่างทอง 2.พระนครศรีอยุธยา 3.ชัยภูมิ 4.ขอนแก่น และ 5.สระบุรี
อย่างไรก็ตามในส่วนของเส้นทางเดินรถไฟที่ได้รับผลกระทบ 3 แห่งนั้น ได้แก่ ระหว่างสถานีหนองโดน-บ้านหมอ กม.ที่ 113/5-116/1 จ.สระบุรี, ระหว่างสถานีบำเหน็จณรงค์-สถานีจัตุรัส กม.ที่ 296/5-297/7 จ.ชัยภูมิ และระหว่างสถานีบำเหน็จณรงค์-สถานีจัตุรัส กม.ที่ 308/5-310/2 จ.ชัยภูมิ ส่งผลให้การรถไฟแห่งประเทศไทย (รฟท.) ต้องหยุดเดินรถเส้นทางแก่งคอย-ชุมทางบัวใหญ่ 2 ขบวน และกรุงเทพฯ-เชียงใหม่ 4 ขบวน และเปลี่ยนเส้นทางการเดินรถ กรุงเทพฯ-หนองคาย 2 ขบวน มาใช้เส้นทางแก่งคอย-ปากช่อง-นครราชสีมา-ชุมทางบัวใหญ่-หนองคาย
นอกจากนี้ยังลดระยะทางวิ่ง 10 ขบวน ดังนี้ กรุงเทพฯ-ลพบุรี 4 ขบวน เปลี่ยนเป็น กรุงเทพฯ-บ้านหมอ, กรุงเทพฯ-พิษณุโลก 2 ขบวน เปลี่ยนเป็น ลพบุรี-พิษณุโลก, กรุงเทพฯ-ตะพานหิน 2 ขบวน เปลี่ยนเป็น ลพบุรี-ตะพานหิน และกรุงเทพฯ-เชียงใหม่ 2 ขบวน เปลี่ยนเป็น ลพบุรี-เชียงใหม่ ขณะที่บริษัท ขนส่ง จำกัด (บขส.) ได้ปรับเส้นทางเดินรถที่มีเส้นทางผ่านจังหวัดพิจิตร ได้แก่ สาย 47 กรุงเทพฯ-ทุ่งช้าง, สาย 957 กรุงเทพฯ-แม่สาย และสาย 962 กรุงเทพฯ-ป่าแดด-เชียงของ เปลี่ยนมาใช้เส้นทาง ทล.117 นครสวรรค์-พิษณุโลก แทน.