วันที่ 29 ก.ย. ที่ศาลาการเปรียญ วัดปากน้ำ ภาษีเจริญ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานน้ำหลวงสรงศพพระวิสุทธิวงศาจารย์ (วิเชียร อโนมคุโณ) กรรมการมหาเถรสมาคม (มส.) เจ้าคณะใหญ่หนเหนือ และรองเจ้าอาวาสวัดปากน้ำฯ โดยมีสมเด็จพระพุฒาจารย์ (สนิท ชวนปญฺโญ) เจ้าอาวาสวัดไตรมิตรวิทยาราม กรรมการ มมส.เจ้าคณะใหญ่หนตะวันออก เป็นประธานในพิธี ในการนี้พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงพระราชทานเครื่องประกอบเกียรติยศ โกศ 8 เหลี่ยม และฉัตรเบญจา พร้อมพระราชทานพวงมาลาตั้งประดับหน้าโกศ โดยสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินี สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี สมเด็จพระเจ้าน้องนางเธอ เจ้าฟ้าจุฬาภรณวลัยลักษณ์ อัครราชกุมารี กรมพระศรีสวางควัฒน วรขัตติยราชนารี พระราชทานพวงมาลาตั้งประดับหน้าโกศด้วย ทั้งนี้จะมีการสวดพระอภิธรรม เป็นเวลา 100 วัน ก่อนที่จะขอพระราชทานเพลิงศพต่อไป
ด้าน พระราชวิสุทธิเวที (นิกร มโนกโร) ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดปากน้ำฯ รองเจ้าคณะภาค 7 เลขานุการเจ้าคณะใหญ่หนเหนือ โพสต์ข้อความในเฟซบุ๊กส่วนตัว ระบุว่า พระวิสุทธิวงศาจารย์ ได้เริ่มมีอาการอาพาธ เมื่อประมาณเดือน พ.ย. 2561 หลังจากฉลองอายุวัฒนมงคล 81 ปีแล้ว แต่ไม่ยอมไปโรงพยาบาล จวบจนวันที่ 4 ธ.ค. 2561 จึงยอมไปรับการรักษาที่ รพ.กรุงเทพ ประมาณ 2 สัปดาห์ ได้พบเชื้อมะเร็งที่ปอด ต่อมาได้ย้ายมารักษาที่ รพ.ศิริราช ประมาณ 10 วัน ก่อนสิ้นปีก็ได้กลับมาพักที่วัดปากน้ำฯ รอผลการตรวจอย่างชัดเจน ซึ่งแพทย์ได้วินิจฉัยว่าอาจอยู่ได้ไม่เกิน 6 เดือน แต่ปัญหาใหญ่ คือ ไม่มีใครกล้าบอกให้ท่านทราบว่ามีเชื้อมะเร็ง จึงต้องหาวิธีการให้ยาเคมีบำบัดโดยที่ท่านไม่สงสัย ให้ยา 6 ครั้ง ก็ทำให้เกิดปาฏิหาริย์ สามารถปฏิบัติศาสนกิจมาได้ และได้มีโอกาสอยู่เสริมบารมีฉลองอายุวัฒนมงคล 82 ปี และ 83 ปี ระหว่างนั้น ก็ไม่ได้เข้าโรงพยาบาลเลย
ต่อมาเมื่อเดือน ก.พ. 2564 ได้ไปตรวจที่ รพ.ศิริราช อีกครั้ง ซึ่งแพทย์ได้วินิจฉัยว่า คงไม่ต้องพบแพทย์อีกแล้ว จากนั้นก็เริ่มฉันน้อยลงเป็นลำดับ ร่างกายเริ่มผอมลง จนเข้าเดือน เม.ย. เริ่มมีอาการติดเตียง ไม่ออกมานั่งฉัน ท้ายสุด ก็แทบจะไม่ฉันอะไรเลย จนมีความพยายามที่จะขออนุญาตสอดสายยางให้อาหารทางจมูกที่วัด อยู่ได้คืนเดียว ท่านก็ดึงออก จนวันที่ 10 พ.ค. 2564 หากปล่อยไว้ร่างกายคงอยู่ไม่ได้ จึงนำเข้ารักษาที่ รพ.กรุงเทพ และเข้าออกโรงพยาบาลอีกหลายครั้ง ครั้งสุดท้าย วันที่ 7 ก.ย. อาการเริ่มวิกฤติ แต่ก็เกิดปาฏิหาริย์ อาการดีขึ้น จนเกือบจะกลับวัดแล้ว แต่ในที่สุด คืนวันที่ 24 ก.ย. มีเลือดออกในท้อง อาการไม่ดีขึ้น จนถึงแก่มรณภาพ เมื่อวันที่ 26 ก.ย. เวลา 12.52 น. ด้วยโรคมะเร็งปอดระยะลุกลาม
